自動車税は自動車と軽自動車ではなぜ違うのですか？

地方税法に基づいているからです。
自動車と軽自動車は、同じ国税の普通・直接税なのですが、地方税法に基づき自動車税を都道府県税で、軽自動車税を市町村税でと、分離されているいるために違いが出ることになります。

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